نتیجه عمل پیوند قرنیه تا حد زیادی به بیماری اولیه ای بستگی دارد که پیوند قرنیه به دلیل بروز آن انجام گرفته است.
در افرادی که به علت قوز قرنیه، لکه های غیر عفونی قرنیه یا ورم خفیف قرنیه تحت عمل جراحی قرار می گیرند میزان موفقیت عمل بسیار خوب و در حدود 90درصد است. اگر پیوند قرنیه به علت لکه های ناشی از تبخال یا ورم قرنیه شدید انجام بگیرد نیز میزان موفقیت عمل بیش از 80درصد می باشد. در موارد اورژانسی که پیوند قرنیه برای کنترل عفونت یا ترمیم سوراخ قرنیه انجام می شود، احتمال شفاف ماندن قرنیه پیوندی کمتر از موارد پیش گفته است اما در این مواقع هم برای حفظ ساختمان چشم لازم است پیوند قرنیه انجام شود.