یکی از شایع ترین عوارض پیوند قرنیه که تاثیر قابل توجهی بر سیستم بینایی دارد، ایجاد آستیگماتیسم است که معمولاً با برداشتن بخیه ها و استفاده از عینک یا لنز تماسی بهبود می یابد.
از دیگر عوارض پیوند قرنیه، رد پیوند (پس زدن پیوند) است که اگر به موقع درمان نشود موجب کدر شدن قرنیه پیوندی خواهد شد. پس زدن پیوند وقتی اتفاق می افتد که دستگاه ایمنی بدن بیمار، قرنیه پیوندی را به عنوان بافت غریبه شناسایی کرده و سعی کند آن را از بین ببرد. این حالت می تواند از دو هفته پس از پیوند شروع شود اما در اغلب موارد چند ماه بعد از پیوند قرنیه اتفاق می افتد. در صورتی که رد پیوند زود تشخیص داده شود، با استفاده مکرر از قطره های استروئیدی و گاهی استفاده از قرص های خوراکی یا تزریق دارو به اطراف چشم، کنترل خواهد شد اما در موارد خاص ممکن است عارضه رد پیوند با دارو کنترل نشود و نیاز به انجام پیوند مجدد باشد که میزان موفقیت آن کمتر از پیوند اولیه است. به همین علت توصیه می شود در صورت بروز هر یک از علائم زیر در چشمی که قرنیه پیوندی دارد حداکثر ظرف 24 ساعت به چشم پزشک مراجعه کنید:
 
1. درد
2. قرمزی شدید چشم یا اطراف قرنیه
3. حساسیت به نور
4. اشک ریزش غیر طبیعی
5. تاری دید
6. احساس جسم خارجی (که می تواند ناشی از شل یا پاره شدن بخیه ها باشد.)
سایر عوارض پیوند قرنیه چندان شایع نیستند اما به هر حال احتمال عوارضی مثل خونریزی داخل چشمی، عفونت، آب مروارید، آب سیاه، عود بیماری قبلی در قرنیه پیوندی و پارگی پرده شبکیه وجود دارد.