با توجه به این‎که بخش عمده بوتاکسی که برای برطرف کردن چروک ها به کار می رود، جذب عضلات محل تزریق شده و تنها مقادیر بسیار ناچیزی از آن وارد سیستم گردش خون می شود، تزریق بوتاکس تقریباً هیچ عارضه سیستمیک مهمی ایجاد نخواهد کرد. البته مثل هر تزریق دیگری ممکن است سوزش و قرمزی خفیفی در محل تزریق ایجاد شود که پس از چند ساعت خود به خود برطرف خواهد شد. از دیگر عوارض بوتاکس می توان به این موارد اشاره کرد، برخی افراد پس از تزریق بوتاکس دچار سردرد، تهوع خفیف یا نشانه هایی شبیه سرماخوردگی می شوند که این حالت بطور معمول ظرف 2 تا 3 روز بهبود می یابد.
عارضه جدی تری که گاهی در اثر تزریق بوتاکس مشاهده می شود افتادگی پلک است. البته افتادگی پلک بعد از تزریق، خوشبختانه از عوارض نادر بوتاکس است که در کمتر از 3درصد موارد روی می دهد. افتادگی پلک (در صورت بروز) معمولاً یک هفته پس از تزریق اتفاق می افتد و پس از 2 تا 3 ماه به تدریج بهبود می یابد.